屋頂綠化工程與平地綠化工程的不同點是屋頂所有東西都要計算在屋頂荷載范圍內。因此后期的綠化養護工作要做到不超過屋頂荷載值。因此在屋頂綠化工程完工后進行綠化養護時需要做好以下這幾點：
澆水間隔時間一般控制在10~15天且根據樹種和季節不同來適度增加或減少灌溉次數，要做到充分利用自然降水，人工澆水以噴淋方式與自然降水相結合均勻澆灌。一般采用微噴灌和滴灌系統。
屋頂綠化工程所用土壤非原土與自然地面不相連，土壤微生物較少，土壤自身改良不良，所以必須定期施肥；施肥應采取控制水肥的方法或施用生長抑制劑來防止生長過旺而加大建筑荷載和維護成本。植物生長較差時可施用少量長效復合肥，觀花植物要適當補充肥料。
修剪要根據植物生長特性進行定期整形修剪和除草并要及時清理落葉，落葉喬木修剪一般是去除枯死枝保持樹形，在落葉后進行修剪;常綠喬木萌芽較慢，一般在春季萌芽前的春季進行;花灌木以觀花觀果為目的的，修剪時要整形輕剪；綠籬修剪主要是抑制頂端優勢促進側芽萌發。
病蟲害防治一般以人工物理防治為主，配合生物防治和低殘留農藥措施。冬季到來之前應根據植物抗風性和耐寒性不同，采取搭設防風障和包裹樹干等措施進行防風防寒處理。防寒材料要做到耐火，堅固，美觀的特點。
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